Электровоз 2ЭС5С спроектирован на основе 2ЭС5К и отличается от него применением более мощных асинхронных тяговых двигателей вместо традиционных коллекторных, а также соответствующих им тяговых преобразователей. Первоначально проект 2ЭС5С разрабатывался с 2015 года на основе электровозов 2ЭС5 «Скиф», которые несмотря на схожесть в обозначении с электровозами ЭС5К имеют принципиально иную конструкцию кузова. Электровоз 2ЭС5С в первоначальном варианте являлся новым представителем линейки «Скифов» и должен был иметь аналогичную конструкцию механической части, отличаясь от 2ЭС5 только применением отечественного преобразующего и тягового электрооборудования вместо более дорогостоящего импортного при сохранении всех технических характеристик.