Самолёт Су-39 представляет собой дальнейшее развитие штурмовика Су-25Т. Задача борьбы с танками для Су-39 предполагается важной, но не доминирующей, как у Су-25Т. Самолёт также может эффективно уничтожать корабли в прибрежных зонах, транспортную и фронтовую авиацию противника. В связи с этим самолет оснащен мощнейшим комплексом вооружения и новой авионикой.